中国教育部学位与研究生教育发展中心2013年1月29日在京发布2012年学科评估结果。95个一级学科中，北京大学、清华大学、中国人民大学排名第一的一级学科数量分别达到16个、14个、9个，占总量约四成。
北京大学排名第一的一级学科主要集中在人文科学、理学和基础医学，清华大学集中在工学，中国人民大学集中在社会科学和管理学科。
北京大学参评学科48个，排名第一的学科16个、排名前三的学科35个、排名前五的学科38个，均居全国高校之首。北大排名第一的学科有：数学、物理、化学、地球物理、力学、中文、外文、中国史、世界史、考古学、哲学、政治学、艺术理论、基础医学、药学及护理学 。排名前三的学科有：理论经济、应用经济、社会学、法学、大气科学、天文学、生物学、地理学、地质学、电子科学与技术、计算机科学与技术、软件工程、核科学与技术、心理学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、统计学、公共管理。排名前五的学科有：马克思主义理论、环境科学与工程、图书情报与档案管理。排名前十的学科还有：工商管理、教育学、生态学、新闻与传播学、戏剧与影视、生物医学工程。排名在十名之后的学科有：中西医结合、信息与通讯工程、体育学、管理科学与工程。
北大哲学、历史学（中国史、世界史、考古学）、外国语言文学、数学、化学、政治学等六个学科连续三次名列全国第一。中文、应用经济、社会学、地球物理、地理学、临床医学、公共卫生与预防医学连续三轮排在前两名。物理、大气科学、生物学、地质学、核科学与技术、心理学、基础医学、药学、口腔医学、公共管理连续三轮排在前三名。
此次评估由5000余位专家历时一年完成。评估对象涉及具有研究生培养和学位授予资格的一级学科，以高等学校为主，兼顾科研院所。共有390多个单位的4200多个学科参评。北大在第三次全国一级学科评估中表现突出，比较充分地展现了学科建设及学校整体事业发展的成绩；基础类学科实力强劲，必然承担北京大学创建世界一流大学的主力军角色；学科建设的关键是重要学术带头人尤其是具有卓越学术组织能力的学术带头人队伍的建设，物理学、力学、艺术理论及基础医学等学科的发展充分这证明了这点；北大学科综合实力强，各学科发展相对均衡。当然，由于学科评估本身的局限，北大交叉学科建设成绩没有得到充分展现。
第三次学科评估结果表明，近年来国家重点建设投入和学校加强学科建设成效显著，评估结果在前五位的学科中，超过75%是国家重点学科，“985高校”占73%，“211高校”占84%；国家新学科目录调整对促进学科特色发展初见成效，适应需求性增强；评估结果体现出学科发展的状态和规律，与前两次评估比较，传统学科评估结果相对稳定，新兴学科有一定波动，而一些学科内涵界定比较宽泛的学科评估结果变化相对较大；分类特色指标体系比较科学地反映出特色高校学科建设成效，专业院校的得分明显提升；较客观展示了高校的整体优势、特色与发展状态。
